Уроженец Генуи Христофор Колумб пересек Атлантику и 12 октября 1492 г. высадился на острове, который он назвал San Salvador. (Остров также имеет неофициальное название Watling, поскольку в XVII столетии пират Джордж Ватлинг сделал его своим убежищем). Некоторые историки считают, что высадка Колумба произошла на островке Samana, расположенном в 65 милях к юго-востоку от San Salvador. В 1513 г. испанский мореплаватель Понс де Леон в поисках легендарного источника молодости исследовал архипелаг. Результатами его поисков стали открытие Флориды и течения Gulf Stream.

Исконными жителями островов были индейцы аравак. Однако испанцы вывезли до 40000 индейцев для работы в шахтах и добычи жемчуга на другие острова. В результате Багамы со времени их открытия Колумбом были почти безлюдными на протяжении 135 лет. Британцы впервые поселились на островах Eleuthera и New Providence в 1647 г. и завезли сюда черных рабов для работы на хлопковых плантациях. В первое время британские поселения подвергались частым атакам испанцев. Эти острова были и прибежищем разбойников и пиратов.

С 1670 по 1717 гг. Багамы управлялись губернаторами британской колонии Carolina. В 1776 г. в ходе американской революции Nassau был взят американскими военно-морскими силами. В 1782 и 1783 гг. островами временно овладела Испания, в 1787 г. Багамы стали британской колонией.

В 1834 г. рабство было упразднено и рабы освобождены. Последовавшие вслед за этим экономический спад и эпидемия холеры в центральной части архипелага повлекли за собой значительное сокращение населения. Благополучие временно возвращалось на острова во время Гражданской войны в США 1861 - 1865 гг., когда острова стали базой жизнеобеспечения Конфедерации, чьи суда доставляли с Багам промышленные товары во Флориду и вывозили оттуда хлопок, а также в период действия американского "сухого закона" 1920 - 1933 гг., когда острова стали базой для контрабандной торговли ромом.

В годы Второй мировой войны Багамы находились под управлением герцога Виндзорского, который ради женитьбы на американке отрекся от престола и титула короля Эдварда VIII и стал багамским губернатором. Американские войска использовали Багамы в качестве военно-воздушной базы и для борьбы с нацистскими подводными лодками, действовавшими в районе Карибских островов. В наше время американские ракетные установки стоят на Багамах на боевом дежурстве.

В 1964 г. Великобритания предоставила Багамам внутреннее самоуправление. Когда в 1967 г. к власти пришла Прогрессивная Либеральная партия во главе с Линденом Пиндлингом, чернокожие багамцы в правительстве получили большинство. После 256-летнего британского владычества 10 июля того же года Багамам была предоставлена независимость. В 80-е гг. правительство Пиндлинга подверглось многочисленным обвинениям в коррупции и связях с наркодельцами. На выборах в 1992 г. победило Свободное Национальное движение во главе с Хубертом Ингрэхэмом.